Naturkirkegården er beliggende i den østlige del af Holbæk ved Anders Larsensvej, og er sammenhængende med Østre kirkegård. Kirkegården er anlagt i 2000 efter tegninger af landskabsarkitekt Charlotte Skibsted. På Naturkirken ligger Margrethe-Kapellet og Skt. Nikolai sogns kirkegårdskontor.

Naturkirkegården indeholder kun urnegravsteder, anlagt i forskellige afdelinger med hver sit særpræg. Der findes en række afdelinger med gravsteder omkring runddeller og tilhørende staudebeplantning, gravsteder i plæne samt en afdeling i skovlignende omgivelser.

Der er servitutter på alle gravsteder på Naturkirkegården (se oversigt over servitutter her) og obligatorisk vedligeholdelse ved kirkegårdens personale på alle gravsteder.

På Naturkirkegården findes en række skulpturer af forskellige kunstnere.

Der er offentlige rundvisninger på Naturkirkegården og i Margrethe-Kapellet i foråret og i efteråret, ligesom der kan arrangeres rundvisninger ved henvendelse til kirkegårdskontoret.